تشكّل أقساط المدارس الأهلية مصدر قلق بالنسبة للأهالي؛ فمع تزايد ارتفاع تكلفة هذه المدارس ماديًّا مازال بعض ملاكها يلجؤون إلى سياسة الزيادة في كل عام، الأمر الذي دفع وزارة التعليم إلى التشديد على ملاك المدارس الأهلية والعالمية بضرورة عدم رفع أي أسعار للرسوم الدراسية إلا بعد موافقة إدارات التعليم المختلفة، على ألا تشمل الزيادة المدارس التي حصلت خلال 1438- 1439هــ، إلا بعد التحقق من وجود تغيرات تستوجب تغير الرسوم الدراسية للطلاب والطالبات .
وبحسب "عاجل" فقد طالبت وزارة التعليم ومن خلال تعميم أصدرته بضرورة رفع ملاك المدارس الأهلية بالمنطقة الطلبات عبر نظام إلكتروني على أن يتم تطبيق معايير التكلفة والكفاءة وفق نسب، وهي (مبنى مصمم لأغراض تعليمية – إضافة واستحداث تجهيزات المدارس – الالتزام بدعم رواتب المعلمين والمعلمات السعوديين – الالتزام بالتوطين وفقًا لنطاقات – التقييم السنوي للمدرسة – المناهج التي تقدمها المدرسة) للنظر في رفع الأسعار من عدمه وهل يستوجب ذلك إبقاء الأسعار كما هي أم لا.
ورفضت وزارة التعليم أي زيادة في أسعار التعليم بالمدارس الأهلية مالم تنظر اللجنة بها، مؤكدة أنها سوف تخالف من رفع الأسعار دون إشعار الجهات المختصة بذلك، وإشعار أولياء الأمور بها قبل نهاية العام الدراسي وفقًا لنظام المدارس الأهلية .
وسمحت اللائحة بالتظلم لأولياء الأمور من أي زيادات في الرسوم غير معتمدة من الوزارة.